在与戈鲁戈姆战斗后半年,本应取回的和平突然被怪魔界克萊西斯帝国打破。克萊西斯帝国的杰克将军想拉拢南光太郎作为部下,但光太郎不答应,于是杰克将军便将其变身机能破坏。 变身机能破坏的情况下,光太郎被扔往宇宙。在即将变为宇宙尘埃的时候,光太郎被神秘的太阳光线照射,其体内的帝王石亦产生了变化,光太郎也因此变成了新生的光之王子·“太阳之子”假面骑士BLACK RX,并展开了与克萊西斯帝国的战斗。“即刻传书天下,昭告九重天阙,唯我圣君云上人,由东皇、妖后、墨帝、还有精灵族五神亲眼见证,证实为万圣真灵的幕后主人。而他本身的身份,乃是上一代……万圣真魔的亲身儿子!”……